ECOFONDO agrupa un número significativo de organizaciones ambientales a nivel nacional. Está constituido por organizaciones sociales, no gubernamentales, indígenas y afrodescendientes con un interés y propósito común: propiciar cambios ambientales a nivel local, regional y nacional a través de la gestión ambiental participativa y la incidencia en la  política pública.     

La Corporación ECOFONDO actualmente cuenta con 131 organizaciones miembros: 91 ONG; 32  organizaciones sociales o comunitarias (organizaciones campesinas, educativas y economía solidaria, acueductos comunitarios); 5 organizaciones indígenas y 2 afrocolombianas, una de las cuales  está conformada por 120 Consejos Comunitarios Locales del Chocó. Tal y como lo posibilitan los Estatutos de ECOFONDO, entre sus miembros, se cuenta con un Asociado Especial: la Fundación  Museo del Mar, organización de carácter mixto con sede en la ciudad de Santa Marta.

A lo largo de estos 15 años (1993-2008), ha habido una gran movilidad en la composición de la membresía de ECOFONDO. De las 111 organizaciones fundadoras, solamente 9 hacen parte de la membresía: Corporación Ecológica y Cultural "Penca de Sábila"; Asociación Medio Ambiente y Desarrollo en América Latina, ENDA América Latina; Asociación Centro Nacional Salud, Ambiente y Trabajo “Agua Viva”. CENSAT “Agua Viva”;  Asociación para el Desarrollo Campesino, ADC; Fundación para la Comunicación Popular, FUNCOP-Cauca; Central Cooperativa de Servicios, CENCOOSER; Corporación Acción y Progreso Sostenible, CAPS; Asociación "RAPALMIRA"-Red de Acción Ambiental; Corporación para Estudios Interdisciplinarios y Asesoría Técnica, CETEC; Corporación Vallecaucana de las Cuencas Hidrográficas y el Medio Ambiente; Instituto Mayor Campesino, IMCA.

El 42% de la membresía de ECOFONDO tiene más de 7 años de antigüedad  y el 84%  tiene más de 4 años de  estar compartiendo desde las regiones y a nivel nacional intereses y esfuerzos orientados a impulsar y  fortalecer los procesos ambientales alternativos, construir alianzas con otros procesos sociales para  incidir en las políticas públicas ambientales y la realidad del territorio nacional.